W okresie feudalnym, wraz z rozwojem stanu samurajskiego, na terenie Japonii dużą popularność zdobyła nauka buddyjskiej sekty zen. Termin „zen” oznacza medytację, gromadzenie sił fizycznych i duchowych w celu osiągnięcia stanu „oświecenia”. Sekta zen została założona przez kapłana Bodhidharmę, który głosił swoją naukę na terenie Indii i Chin. Z Chin na teren Japonii nauka sekty zen dotarła za pośrednictwem dwóch buddyjskich patriarchów o imionach Eisai oraz Dogen. Szybko zyskała aprobatę najwyższych klas społeczeństwa i zaczęła się rozpowszechniać wśród stanu samurajskiego.

Zanim w Japonii doszło do powstania shogunatu, wojownicy oddawali cześć Buddzie Amidze. Założenia amidyzmu, jak określa się naukę sekty buddyjskiej jodo, były wyjątkowo proste. Obowiązek wyznawców stanowiło jedynie ciągłe powtarzanie imienia Amidy. Mnisi jodo wierzyli, że dzięki temu możliwe jest uzyskanie zbawienia. Wraz z rozwojem feudalizmu, te proste, nie rozwijające żadnych cech charakteru zasady przestały wystarczać samurajom. W tym właśnie okresie w Japonii pojawili się mnisi sekty zen. Głoszona przez nich nauka stała się duchowym oparciem dla samurajów. Przyczyną szybkiego rozwoju buddyzmu zen wśród wojowników była przede wszystkim jego prostota. Religia ta nie wymagała bowiem od wyznawców zdobywania skomplikowanej wiedzy. Zgodnie z założeniami zen poznanie świata oraz osiągnięcie szczęścia możliwe jest jedynie dzięki intuicji i medytacji. Buddyzm zen cieszył się dużą popularnością wśród samurajów także z innych powodów. Nowa religia kształtowała u wojowników niezwykle istotne cechy, takie jak zdolność panowania nad sobą, odwagę czy silną wolę. Dzięki filozofii zen samuraj powinien nawet w sytuacji największego niebezpieczeństwa zachować jasność umysłu i być zdolny do bohaterskich czynów. Sekta zen uczyła wojowników także innej, wyjątkowo ważnej w czasach feudalnych cnoty. Stanowiło ją bezwzględne posłuszeństwo wobec pana. Zgodnie z filozofią zen życie jest jedynie tymczasową własnością ludzi i musi zostać zwrócone. Może się to jednak zdarzyć w każdej chwili, dlatego też wyznawcy uczeni byli pogardy dla śmierci. Sekta zen głosiła iż, ludzkie życie im krótsze, tym jest piękniejsze. Stąd wśród samurajów nie występował lęk przed śmiercią. Wojownicy w swoim postępowaniu kierowali się również teoriami zaczerpniętymi z konfucjanizmu. W feudalnej Japonii uczono bezgranicznego posłuszeństwa wobec pana i prawa. Śmierć poniesiona w wyniku wypełniania obowiązku uważna była za idealny sposób wykorzystania życia. Zwłaszcza w okresie Sengoku, kiedy to miały miejsce liczne wojny domowe, rozwinął się wśród wojowników szczególny kult śmierci, z którym wiązał się obrzęd seppuku. Samuraje wzmacniali w sobie odwagę wobec śmierci i nie dostrzegali wartości życia na ziemi. Buddyzm zen głosił, iż życie jest wieczne, natomiast śmierć stanowi tylko ogniwo łączące kolejne przeobrażenia każdej istoty żywej. Dlatego też wielu wojowników ginęło z radością, wierząc, że śmierć stanie się swego rodzaju przejściem do lepszego życia. Samuraje, którzy posiadali taki stosunek do śmierci wydawali się być idealnymi wojownikami. Filozofia zen stała się jednym ze źródeł kodeksu etyki samurajskiej, bushido. Pomiędzy moralnością stanu samurajskiego, a dogmatami buddyzmu istniały jednak pewne sprzeczności. Najwyraźniejsza z nich była związana z zakazem zabijania, uważanym za jedną z podstawowych zasad buddyzmu. Przestrzeganie tego dogmatu w czasach feudalnych, zwłaszcza przez samurajów, było oczywiście nierealne. Dlatego też wojownicy starali się odkupić popełnione zbrodnie poprzez składanie świątyniom hojnych ofiar.

Jedynym sposobem poznania prawdy o świecie, zgodnie z nauką zen, była medytacja, określana mianem zazen. Wraz z rozwojem buddyzmu na terenie Japonii ukształtowały się szczegółowe reguły zazen. Medytacja najczęściej miała miejsce w ogrodzie lub w pustym pomieszczeniu. Istotną rolę w trakcie zazen odgrywał właściwy, miarowy oddech, umożliwiający uwolnienie się od wszelkich myśli i osiągnięcie stanu, w którym osoba medytująca mogła dostąpić „oświecenia” określanego mianem satori. Wśród wyznawców buddyzmu praktykowany był również inny sposób poznania prawdy. Polegał on na odpowiadaniu na pytania nauczyciela, co w konsekwencji miało doprowadzić do oświecenia. Według filozofii zen, osoba, która doznała satori, zaczynała w nowy sposób pojmować świat i podejmować właściwe decyzje we wszelkich możliwych sytuacjach. Dostąpienie oświecenia stało się celem wszystkich samurajów. To, czego wojownicy mieli doznać w trakcie medytacji, w rzeczywistości było efektem autosugestii. Dzięki czynnikom psychologicznym, na których opierała się nauka mnichów buddyjskich, wojownicy stawali się obojętni na ból. Na przełomie XIV i XV wieku sekta zen osiągnęła szczyt swojej popularności. Wywarła znaczący wpływ na kulturę japońską. Na przestrzeni lat filozofia zen uległa jednak pewnym przemianom. Samuraje, którzy dotychczas żyli w ciągłej gotowości do utraty życia zaczęli interesować się kulturą oraz doceniać zalety ludzkiej egzystencji. Stąd też wielu wojowników w okresie pokoju uczestniczyło w ceremonii herbacianej, tworzyło kompozycje z kwiatów lub nawet brało udział w sztukach teatralnych. Rozwój nauki, kultury i sztuki wojennej sprawił, że pomiędzy światopoglądem warstwy samurajskiej, a zasadami filozofii zen pojawiały się coraz wyraźniejsze różnice. Zdobycie wykształcenia, a zwłaszcza wiedzy na temat prowadzenia wojny stawało się dla samurajów czymś niezwykle istotnym. Sekta zen odrzucała natomiast metodę zdobywania wiedzy opartą na studiowaniu ksiąg. W okresach późniejszych rozmaitych sprzeczności było coraz więcej.

Oprócz najpopularniejszej w feudalnej Japonii sekty zen rozwijały się również inne sekty buddyjskie. Jedną z nich była sekta hokke. Jej wyznawcy wierzyli, że po pewnym czasie wszelkie istoty żywe nieuchronnie przemienią się w Buddę. Sekta hokke znajdowała swoich zwolenników zwłaszcza wśród niższych rangą samurajów oraz chłopów. Japońscy wojownicy obdarzali czcią również inne bóstwa z panteonu buddyjskiego, do których zwracali się w ważnych momentach życia. Obok buddyzmu funkcjonowała dawna politeistyczna religia Japonii, shinto. Opierała się na kulcie przyrody, lokalnych bóstw oraz przodków. Wyznawcy shinto wierzyli w istnienie trzech świętych przedmiotów: miecza, klejnotu oraz zwierciadła, które bogini słońca Amaterasu miała przekazać ziemskim władcom Japonii. Dla wojowników największe znaczenie miał oczywiście miecz, uznawany za symbol stanu samurajskiego. Religia shinto nakazywała samurajom oddawanie czci przodkom, co miało ich uchronić od nieszczęść i niepowodzeń. Wojownicy obdarzali boską czcią również osobę cesarza, uważanego za władcę o boskim pochodzeniu. Istotną rolę wśród bóstw shintoistycznych odgrywał bóg wojny, Hachiman, do którego samuraje zwracali się przed każdą kampanią i bitwą. Tradycyjna religia shinto wraz z pojawieniem się buddyzmu, stopniowo traciła swoich wyznawców wśród najwyższych klas japońskiego społeczeństwa. Pozostawał jej jednak wierny najbardziej wyzyskiwany stan, chłopi. Dlatego też obie religie, shinto i buddyzm musiały ze sobą współistnieć. Samuraje jednocześnie oddawali cześć duchom shinto oraz bóstwom buddyjskim.

Na terenie Japonii oprócz shinto i buddyzmu rozwijał się konfucjanizm. Była to nauka Konfucjusza w interpretacji Zhuxi. Oprócz nielicznych elementów religijnych zawierała elementy etyki. Konfucjanizm rozwijający się w Japonii łączył w sobie pewne założenia religii shinto oraz buddyzmu. Jedną z podstawowych reguł była zasada posłuszeństwa wobec ojca oraz państwa i cesarza. Według wyznawców konfucjanizmu człowiek to wyjątkowa istota obdarzona pięcioma cnotami: miłością, sprawiedliwością, dobrym wychowaniem, mądrością, a także szczerością. Nauka konfucjańska zwracała szczególną uwagę na stosunki pomiędzy panem a sługą. Wśród samurajów głęboko zakorzeniona była idea bezgranicznej wierności wobec pana. Wiązało się z nią pojęcie obowiązku, polegające na nieustannej służbie oraz gotowości do oddania życia.

Światopogląd stanu samurajskiego został ukształtowany przez trzy religie: shinto, buddyzm oraz konfucjanizm. Należy jednak również pamiętać o roli, jaką odegrało chrześcijaństwo, które pojawiło się w Japonii w XVI w. Duże sukcesy odnosili tutaj misjonarze, wśród których najwybitniejszymi byli jezuici. Wraz ze zwiększeniem się liczby cudzoziemców, co stanowiło zagrożenie dla istniejącego w Japonii systemu feudalnego, shoguni doprowadzili jednak do zatrzymania rozwoju chrześcijaństwa w Kraju Kwitnącej Wiśni.